كانت مبيدات الفطريات المبكرة عبارة عن مركبات غير عضوية ، من بينها مسحوق الكبريت ومستحضرات النحاس (انظر خليط بوردو) لا تزال تستخدم حتى اليوم. في عام 1914 ، استخدم I. Reem الألماني لأول مرة مركبات الزئبق العضوية للتحكم في تفحم القمح ، مما يمثل بداية تطوير مبيدات الفطريات العضوية.
في عام 1934 ، اكتشف WH Tisdale وآخرون في الولايات المتحدة الخصائص المبيدة للجراثيم لثنائي ميثيل ثنائي الكربونات. منذ ذلك الحين ، بدأت مبيدات الفطريات العضوية تتطور بسرعة. هناك ثلاث سلاسل رئيسية من مبيدات الفطريات العضوية الكبريتية التي تم تطويرها في أربعينيات وخمسينيات القرن الماضي: الثيرام ، والدايسون (مثل زنك دايسونز) وثلاثي كلورو ميثيل ثيودي ميثيل كاربوكسيميد. بالإضافة إلى ذلك ، تم تطوير الكلور العضوي والزئبق العضوي ومبيدات الفطريات العضوية للزرنيخ. معظم مبيدات الفطريات هذه هي عوامل وقائية ولها قيود في التطبيق.
منذ الستينيات ، ظهر المزيد من أنواع مبيدات الفطريات الكيميائية ، وكان التقدم الأكثر أهمية هو ظهور مبيدات الفطريات الجهازية.
في عام 1965 ، طورت اليابان مبيد الفطريات الفسفوري العضوي Daobenjing. في عام 1966 ، طورت الولايات المتحدة wisterin. في عام 1967 ، طورت الولايات المتحدة مادة البينوميل. في عام 1969 ، طورت اليابان مادة الثيوفانيت. تم تطوير تريسيكلازول في الولايات المتحدة في عام 1977 ، وتم تطوير ميتالاكسيل في سويسرا ، وتم تطوير ثلاثي إيثيل فوسفات الألومنيوم في فرنسا في عام 1978. وأصبحت العوامل الجهازية التي يمثلها ما سبق هي الاتجاه السائد لتطوير مبيدات الفطريات منذ السبعينيات. في الوقت نفسه ، تطورت المضادات الحيوية الزراعية بسرعة. يتم التخلص تدريجياً من الزئبق العضوي والزرنيخ العضوي وبعض مبيدات الفطريات الكلورية العضوية بسبب السمية أو التلوث البيئي. أدى الجيل الجديد من العوامل الجهازية إلى توسيع سوق مبيدات الفطريات بشكل أكبر بسبب تأثيرات التحكم المحسنة. بحلول الثمانينيات ، كان هناك أكثر من 200 نوع من مبيدات الفطريات. حسب المسح ، فى عام 1985 ، بلغت مبيعات مبيدات الفطريات فى العالم 2.54 مليار دولار امريكى ، تمثل 18.4 فى المائة من اجمالى مبيعات المبيدات.
في عام 1984 ، شكلت مبيعات العوامل الجهازية في مبيدات الفطريات 44.2 في المائة ، والعوامل غير الجهازية 55.8 في المائة. منذ ما يقرب من نصف قرن ، ركز تطوير مبيدات الفطريات بشكل أساسي على عوامل الوقاية من الأمراض الفطرية وعلاجها ، بينما لا يزال البحث والتطوير في العوامل للوقاية من الأمراض التي تسببها البكتيريا والفيروسات وعلاجها غير كافٍ. منذ الخمسينيات من القرن الماضي ، طورت الصين بشكل أساسي مبيدات الفطريات الوقائية. منذ السبعينيات ، بدأت في تطوير مبيدات الفطريات الجهازية والمضادات الحيوية الزراعية ، وتوقفت عن استخدام عوامل الزئبق العضوية. نظرًا لأن تقنية تطبيق مبيدات الفطريات معقدة نسبيًا ، فإن سرعة التطوير ليست بنفس سرعة المبيدات الحشرية. ومع ذلك ، فإن التأثير الوقائي لمبيدات الفطريات على الإنتاج الزراعي قد تم الاعتراف به أكثر فأكثر من قبل المزارعين. مع تحديث الزراعة في الصين ، سوف يتسارع تطوير مبيدات الفطريات لا محالة.